Protein–RNA interactions for Protein: P0CW19

LIMS3, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 117 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3P0CW19 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMS3P0CW19 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 PQLC1-211ENST00000590381 1247 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMS3P0CW19 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 CLEC3B-201ENST00000296130 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 FAM58A-202ENST00000440428 1164 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIMS3P0CW19 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 H2AFV-202ENST00000308153 752 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LIMS3P0CW19 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LIMS3P0CW19 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.2 ms