Protein–RNA interactions for Protein: O15551

CLDN3, Claudin-3, humanhuman

Predictions only

Length 220 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN3O15551 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CLDN3O15551 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
CLDN3O15551 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC28.76■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
CLDN3O15551 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.64■■■□□ 2.18
CLDN3O15551 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC28.58■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
CLDN3O15551 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
CLDN3O15551 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
CLDN3O15551 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
CLDN3O15551 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 177.6 ms