Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.26■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC29.2■■■□□ 2.27
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.14■■■□□ 2.26
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.12■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.7 ms