Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC012146.1-202ENST00000413077 474 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 KRT8P36-201ENST00000489121 1440 ntBASIC26.14■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CERKL-201ENST00000339098 1677 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 TRABD-204ENST00000395829 1628 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 GABRD-213ENST00000640067 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 RHBDD3-201ENST00000216085 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 RPL17-204ENST00000579248 790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 VCPKMT-202ENST00000395860 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 CEACAM3-201ENST00000344550 1022 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CHMP4AQ9BY43 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms