Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ANKRD65-204ENST00000520296 1632 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC34.68■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TNFRSF14-201ENST00000355716 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
CUX1P39880 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CUX1P39880 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CUX1P39880 FAU-207ENST00000529639 847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CUX1P39880 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
CUX1P39880 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 FCMR-210ENST00000628511 1055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 TSSK6-201ENST00000585580 1467 ntAPPRIS P1 BASIC34.65■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ILKAP-201ENST00000254654 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC34.64■■■■□ 3.14
CUX1P39880 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CD177P1-201ENST00000606252 935 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
CUX1P39880 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 METTL21A-204ENST00000425132 869 ntTSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CNRIP1-201ENST00000263655 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
CUX1P39880 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 RFXANK-201ENST00000303088 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 HYAL3-203ENST00000415204 959 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AP003071.4-201ENST00000562276 1284 ntBASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 UBL5-202ENST00000586895 432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 PDCD5-207ENST00000590247 699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CD55-203ENST00000367063 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 SNRPA-201ENST00000243563 1621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 SLC39A11-207ENST00000579732 1004 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ZNF561-AS1-202ENST00000586614 568 ntTSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
CUX1P39880 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 KCNK17-201ENST00000373231 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
CUX1P39880 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC34.59■■■■□ 3.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms