Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.29■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC027702.1-201ENST00000563810 1770 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 FPGS-203ENST00000373247 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 IMPDH1-214ENST00000496200 2283 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-207ENST00000529071 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 NFKBIE-204ENST00000619360 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 KLC2-204ENST00000394067 2898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.28■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 EML3-217ENST00000531557 2509 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DIAPH1-201ENST00000253811 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DIAPH1-202ENST00000389054 5795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 DIAPH1-204ENST00000398557 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 WRNIP1-202ENST00000380769 3239 ntTSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 NRL-206ENST00000561028 2103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.2
RPUSD4Q96CM3 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SPOCK3-215ENST00000510741 1963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RUNX2-202ENST00000371432 5487 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 WDR4-202ENST00000398208 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.27■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TLK2-202ENST00000343388 3227 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LEMD2-201ENST00000293760 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC120498.9-201ENST00000339021 3867 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MAFF-202ENST00000407965 2325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PLCH2-205ENST00000449969 5450 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PRRC2A-201ENST00000376007 6861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 DOC2A-201ENST00000350119 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 NTRK1-201ENST00000358660 2492 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SNX32-201ENST00000308342 2003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PPM1B-201ENST00000282412 2606 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GALNS-201ENST00000268695 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC16.26■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 TMEM259-209ENST00000592590 2509 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 CCDC50-202ENST00000392456 2454 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 ADCY6-206ENST00000550422 5877 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
RPUSD4Q96CM3 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms