Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MARK1-202ENST00000366918 5169 ntTSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 MTMR9LP-202ENST00000423995 1878 ntTSL 2 BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.9■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.46
CCDC54Q8NEL0 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CDH5-202ENST00000539168 1672 ntTSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 KAZN-208ENST00000636203 6874 ntTSL 5 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.89■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB1-204ENST00000398494 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TBC1D4-204ENST00000431480 6347 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AMIGO1-202ENST00000369864 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.88■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PRKCI-201ENST00000295797 4950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MYO1D-213ENST00000583621 1916 ntTSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CACNA1B-206ENST00000371372 9790 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FASTK-201ENST00000297532 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
CCDC54Q8NEL0 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms