Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AC003005.1-201ENST00000601674 582 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 WDR45-207ENST00000376372 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 PEX11G-201ENST00000221480 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 SNAPIN-201ENST00000368685 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 MCRIP1-203ENST00000538396 925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SCN4AP35499 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ROPN1-209ENST00000495093 1376 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AC002094.1-201ENST00000591482 1050 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AL158152.2-201ENST00000602703 235 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TM7SF2-202ENST00000345348 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 LRR1-202ENST00000318317 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ZNF561-AS1-201ENST00000585797 1593 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 DYNLRB1-203ENST00000374846 1044 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TREX2-204ENST00000370212 861 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TREX2-205ENST00000370231 1255 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TREX2-207ENST00000393862 907 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 C19orf84-202ENST00000574814 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 TSSC4-207ENST00000451491 1423 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 NEURL3-202ENST00000435380 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 CDKN1B-202ENST00000396340 897 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AL390955.1-201ENST00000428694 934 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 HLX-AS1-201ENST00000552026 563 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SCN4AP35499 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms