Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 CACYBP-202ENST00000405362 1059 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 NUDT16P1-203ENST00000513809 620 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 TMEM64-204ENST00000519519 873 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 AC009065.4-203ENST00000562838 535 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 DAB1-202ENST00000371230 1150 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC29.33■■■□□ 2.29
NPHP4O75161 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MRPS24-201ENST00000317534 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 BX890604.1-205ENST00000425492 856 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 REXO1L10P-201ENST00000615707 1290 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 VEGFB-201ENST00000309422 1380 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 METTL5-201ENST00000260953 1010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PBXIP1-201ENST00000368460 1175 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 KRT16P5-201ENST00000455284 522 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MZB1-201ENST00000302125 825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC015712.4-203ENST00000559673 630 ntTSL 3 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC140479.4-201ENST00000561715 463 ntTSL 4 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AL031963.3-201ENST00000606441 850 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 THOC6-209ENST00000575576 1360 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 UNC93B2-201ENST00000285383 730 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AL390719.1-204ENST00000412397 1219 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SLC25A3P1-201ENST00000443844 931 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 TSPAN14-203ENST00000372156 1380 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 VCY1B-201ENST00000250823 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 VCY-201ENST00000250825 550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 LCE2B-201ENST00000368780 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 BABAM1-202ENST00000447614 930 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC007993.2-201ENST00000592842 521 ntTSL 4 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SNCB-202ENST00000393693 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MEF2B-204ENST00000424583 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
NPHP4O75161 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms