Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SMG1P5-201ENST00000411546 2362 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CACNB2-203ENST00000352115 1911 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 AL512408.1-201ENST00000569378 2000 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 CRHR1-214ENST00000619154 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMCH1Q9UPQ0 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 B4GALT2-204ENST00000434555 1923 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 LRCH4-211ENST00000619071 2098 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 BCAM-201ENST00000270233 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MEF2D-203ENST00000368240 1905 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 OTUB1-209ENST00000538426 1729 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms