Protein–RNA interactions for Protein: Q9NP77

SSU72, RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 194 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSU72Q9NP77 RNF135-205ENST00000535306 2098 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 TFEB-211ENST00000420312 1996 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 CRTC1-204ENST00000601916 1834 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 RASSF7-204ENST00000431809 1745 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 GPR35-202ENST00000403859 2032 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 ASCL4-201ENST00000342331 2260 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 PAQR4-203ENST00000572687 2251 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 UTP4-201ENST00000314423 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
SSU72Q9NP77 COQ10A-201ENST00000308197 1652 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 BEST2-201ENST00000042931 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 CHP2-201ENST00000300113 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 RUFY3-203ENST00000417478 2143 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AC125437.2-201ENST00000625180 2167 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AC116562.4-201ENST00000641316 2276 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 OGG1-205ENST00000344629 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SMARCD2-212ENST00000613943 2342 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ISYNA1-201ENST00000338128 2420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 RTKN-201ENST00000233330 2220 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SUSD1-204ENST00000374270 3124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 DOK7-206ENST00000515886 2263 ntTSL 2 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 NCLN-205ENST00000590671 2070 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 CLIP3-206ENST00000593074 2080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 RTN1-202ENST00000342503 1703 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SLC2A8-215ENST00000610552 1763 ntTSL 3 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 NAE1-201ENST00000290810 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 PI4KB-213ENST00000529142 2603 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ASMTL-206ENST00000534940 2048 ntTSL 2 BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TMPRSS6-207ENST00000442782 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TRA2A-201ENST00000297071 1845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 INTS11-202ENST00000411962 1832 ntTSL 5 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ARNTL2-204ENST00000395901 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 PCDHB11-202ENST00000624887 1973 ntTSL 2 BASIC20.41■□□□□ 0.86
SSU72Q9NP77 ZNF664-207ENST00000539644 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.41■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms