Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 OPA3-203ENST00000544371 1146 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 AC100793.2-201ENST00000593139 542 ntTSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 RENBP-202ENST00000393700 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GGTLC2-204ENST00000613850 973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GGTLC2-205ENST00000618722 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 AC006557.6-201ENST00000623071 864 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 LCE2A-201ENST00000368779 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 TOR2A-203ENST00000373284 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 HCRT-201ENST00000293330 577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 CES1P1-204ENST00000574030 877 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
ZNF541Q9H0D2 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 MAGI2-AS3-203ENST00000424477 520 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 CDC42EP2-202ENST00000533419 1279 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 ANK1-206ENST00000348036 622 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 CD209-209ENST00000601256 994 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC091564.2-201ENST00000527191 399 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
ZNF541Q9H0D2 METTL21A-207ENST00000442521 1003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms