Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 KRT17P2-201ENST00000300992 1314 ntBASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ITGA4-202ENST00000339307 1403 ntTSL 1 (best) BASIC19.42■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 TCTEX1D2-201ENST00000325318 673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PRSS57-201ENST00000329267 1025 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 SPATA25-201ENST00000372519 757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ARMC4P1-202ENST00000576034 643 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PRSS57-202ENST00000613411 1090 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.41■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ADCYAP1-202ENST00000450565 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 MRPL4-202ENST00000307422 1320 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CLN3Q13286 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PLEKHB2-203ENST00000404460 1167 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TK2-204ENST00000525974 1178 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TMEM72-203ENST00000544540 1018 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AUNIP-203ENST00000538789 1392 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 COX7A2L-201ENST00000234301 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 LY6E-205ENST00000519611 635 ntTSL 3 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 LY6E-212ENST00000522024 868 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 WT1-211ENST00000639907 1545 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC19.38■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CLN3Q13286 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
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