Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC007225.1-201ENST00000566331 1836 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 BRSK2-208ENST00000528841 3586 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CHRNA3-202ENST00000348639 2030 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 CYP1B1-207ENST00000614273 2174 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP28Q96RU2 TPBGL-201ENST00000562197 2793 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AL158151.1-201ENST00000372490 2047 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 JDP2-201ENST00000267569 1700 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 ARHGEF4-202ENST00000355771 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PABPC4-204ENST00000372862 2470 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 CYP21A1P-201ENST00000342991 1971 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PKM-215ENST00000565154 2004 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 DDX55-205ENST00000538744 1735 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TMEM163-201ENST00000281924 1892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 APBB3-203ENST00000357560 2218 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP28Q96RU2 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.5 ms