Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 FAM66E-201ENST00000529252 1433 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 PPP1R14A-202ENST00000347262 637 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 R3HCC1-210ENST00000625275 1489 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 AC010646.1-201ENST00000594059 515 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP54Q70EL1 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ZDHHC12-202ENST00000372667 1187 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 KCNE5-201ENST00000372101 1473 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC092368.3-202ENST00000574180 1591 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SLC38A8-201ENST00000299709 1308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC092849.2-201ENST00000492523 333 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 LMF1-212ENST00000568897 1603 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 THAP6-213ENST00000514480 1161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 N4BP2L1-203ENST00000380133 903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 PADI2-201ENST00000375481 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP54Q70EL1 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms