Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC24.14■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SNHG28P0DPA3 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms