Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC27.76■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.04
COL3A1P02461 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC27.76■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC27.71■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC27.7■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
COL3A1P02461 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.1 ms