Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
USP3Q9Y6I4 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
USP3Q9Y6I4 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
USP3Q9Y6I4 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.98■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.96■■■□□ 2.07
USP3Q9Y6I4 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.91■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
USP3Q9Y6I4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
USP3Q9Y6I4 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
USP3Q9Y6I4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.8 ms