Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZ43

USE1, Vesicle transport protein USE1, humanhuman

Predictions only

Length 259 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USE1Q9NZ43 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
USE1Q9NZ43 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USE1Q9NZ43 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
USE1Q9NZ43 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USE1Q9NZ43 AC008738.5-201ENST00000587312 482 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USE1Q9NZ43 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USE1Q9NZ43 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
USE1Q9NZ43 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USE1Q9NZ43 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.7 ms