Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQQ7

RTP3, Receptor-transporting protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTP3Q9BQQ7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTP3Q9BQQ7 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
RTP3Q9BQQ7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTP3Q9BQQ7 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
RTP3Q9BQQ7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
RTP3Q9BQQ7 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC28.51■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
RTP3Q9BQQ7 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.44■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
RTP3Q9BQQ7 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.38■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 CERS1-201ENST00000429504 2094 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 AC008105.3-203ENST00000591365 2238 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.33■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
RTP3Q9BQQ7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RTP3Q9BQQ7 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RTP3Q9BQQ7 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms