Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
VMP1Q96GC9 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.18■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
VMP1Q96GC9 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.08■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC25.08■■□□□ 1.61
VMP1Q96GC9 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.06■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
VMP1Q96GC9 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
VMP1Q96GC9 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.91■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
VMP1Q96GC9 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
VMP1Q96GC9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms