Protein–RNA interactions for Protein: Q53GD3

SLC44A4, Choline transporter-like protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 710 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SLC44A4Q53GD3 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.74■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SLC44A4Q53GD3 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC27.7■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SLC44A4Q53GD3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC27.63■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
SLC44A4Q53GD3 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SLC44A4Q53GD3 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC27.51■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
SLC44A4Q53GD3 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC27.44■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 WSB2-211ENST00000544233 2503 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
SLC44A4Q53GD3 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 MTCP1-202ENST00000369476 2274 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
SLC44A4Q53GD3 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms