Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 RPL34-201ENST00000394665 529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.98□□□□□ -1.292e-22■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 RPL34-206ENST00000504231 629 ntTSL 1 (best)6.98□□□□□ -1.291e-36■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 RPL34-202ENST00000394667 441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.73□□□□□ -1.332e-22■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 RPL34-203ENST00000394668 853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.06□□□□□ -1.62e-22■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 ITIH3-205ENST00000465243 824 ntTSL 58.78□□□□□ -14e-7■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 POFUT2-214ENST00000615172 2472 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.029e-7■■■■■ 73.5
SF3B4Q15427 HNRNPH1-240ENST00000521720 539 ntTSL 315.2■□□□□ 0.023e-11■■■■■ 73.4
SF3B4Q15427 HNRNPH1-246ENST00000523449 793 ntTSL 311.91□□□□□ -0.53e-11■■■■■ 73.4
SF3B4Q15427 CCNL2-205ENST00000425598 661 ntTSL 519.03■□□□□ 0.641e-8■■■■■ 73.3
SF3B4Q15427 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.047e-9■■■■■ 73.3
SF3B4Q15427 GAS5-225ENST00000454813 621 ntTSL 35.53□□□□□ -1.523e-30■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 GAS5-217ENST00000444470 424 ntTSL 24.97□□□□□ -1.613e-30■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 GAS5-207ENST00000422207 643 ntTSL 24.97□□□□□ -1.613e-30■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 GAS5-212ENST00000434796 575 ntTSL 22.72□□□□□ -1.973e-30■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-208ENST00000617760 2158 ntTSL 5 BASIC14.3□□□□□ -0.122e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.182e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-206ENST00000615587 2842 ntTSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-207ENST00000617190 4128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.612e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-204ENST00000496156 892 ntTSL 510.26□□□□□ -0.772e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LRRC41-203ENST00000472710 4455 ntTSL 210.01□□□□□ -0.812e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 LINC00838-201ENST00000562956 2936 ntTSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.022e-14■■■■■ 73.1
SF3B4Q15427 HECTD1-208ENST00000554882 3748 ntTSL 54.6□□□□□ -1.674e-22■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 HECTD1-210ENST00000555843 4281 ntTSL 24.5□□□□□ -1.694e-22■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 RPL18-210ENST00000550671 764 ntTSL 211.65□□□□□ -0.542e-23■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-211ENST00000592704 1941 ntTSL 223.41■■□□□ 1.349e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.099e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.969e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-212ENST00000602720 2037 ntTSL 2 BASIC11.72□□□□□ -0.539e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-203ENST00000542536 1714 ntTSL 210.53□□□□□ -0.729e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 SRP68-207ENST00000588643 2040 ntTSL 210.52□□□□□ -0.739e-19■■■■■ 72.7
SF3B4Q15427 ATP13A1-204ENST00000467160 2431 ntTSL 216.71■□□□□ 0.274e-10■■■■■ 72.5
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SF3B4Q15427 RPL18A-203ENST00000599870 1084 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.433e-16■■■■■ 72
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SF3B4Q15427 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.164e-30■■■■■ 71.6
SF3B4Q15427 GLB1-219ENST00000498537 570 ntTSL 414.04□□□□□ -0.164e-30■■■■■ 71.6
SF3B4Q15427 GLB1-203ENST00000399402 2512 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.52□□□□□ -0.564e-30■■■■■ 71.6
SF3B4Q15427 GLB1-204ENST00000415454 591 ntTSL 48.93□□□□□ -0.984e-30■■■■■ 71.6
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SF3B4Q15427 GLB1-216ENST00000485698 550 ntTSL 47.25□□□□□ -1.254e-30■■■■■ 71.6
SF3B4Q15427 RBM39-209ENST00000416529 594 ntTSL 37.05□□□□□ -1.287e-7■■■■■ 71.4
SF3B4Q15427 HSPD1-212ENST00000482167 491 ntTSL 1 (best)5.04□□□□□ -1.62e-21■■■■■ 71.1
SF3B4Q15427 COLCA2-203ENST00000528846 823 ntTSL 317.97■□□□□ 0.479e-13■■■■■ 71.1
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SF3B4Q15427 COLCA2-205ENST00000614153 1264 ntTSL 3 BASIC16.96■□□□□ 0.319e-13■■■■■ 71.1
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SF3B4Q15427 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.059e-13■■■■■ 71.1
SF3B4Q15427 COLCA2-207ENST00000639470 1207 ntTSL 1 (best)14.74□□□□□ -0.059e-13■■■■■ 71.1
SF3B4Q15427 COLCA2-202ENST00000526216 1332 ntTSL 1 (best) BASIC12.66□□□□□ -0.389e-13■■■■■ 71.1
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SF3B4Q15427 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.183e-24■■■■■ 70.9
SF3B4Q15427 EEF1A1-201ENST00000309268 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.97□□□□□ -0.813e-24■■■■■ 70.9
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SF3B4Q15427 MIR6848-201ENST00000611213 70 ntBASIC8.71□□□□□ -1.023e-13■■■■■ 70.1
SF3B4Q15427 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.078e-16■■■■■ 69.9
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SF3B4Q15427 HADHB-201ENST00000317799 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.71□□□□□ -0.698e-16■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 HADHB-202ENST00000405867 1588 ntTSL 5 BASIC10.23□□□□□ -0.778e-16■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 HADHB-207ENST00000494615 2883 ntTSL 27.48□□□□□ -1.218e-16■■■■■ 69.9
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SF3B4Q15427 IKBKB-207ENST00000517917 1731 ntTSL 212.78□□□□□ -0.368e-12■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC12.7□□□□□ -0.383e-13■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 IKBKB-203ENST00000517388 577 ntTSL 412.3□□□□□ -0.443e-13■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 IKBKB-208ENST00000518647 1543 ntTSL 211.81□□□□□ -0.523e-13■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 IKBKB-215ENST00000520320 628 ntTSL 511.15□□□□□ -0.623e-13■■■■■ 69.9
SF3B4Q15427 C3-218ENST00000602229 585 ntTSL 29.64□□□□□ -0.873e-17■■■■■ 69.7
SF3B4Q15427 C3-216ENST00000601475 368 ntTSL 28.21□□□□□ -1.13e-17■■■■■ 69.7
SF3B4Q15427 THOP1-211ENST00000590970 1104 ntTSL 316.25■□□□□ 0.192e-25■■■■■ 69.7
SF3B4Q15427 RNU2-61P-201ENST00000411069 191 ntBASIC2.13□□□□□ -2.071e-26■■■■■ 69.2
SF3B4Q15427 NCAPG-201ENST00000251496 4661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.37□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 69.2
SF3B4Q15427 NCAPG-205ENST00000514176 3017 ntTSL 1 (best)10.28□□□□□ -0.762e-6■■■■■ 69.2
SF3B4Q15427 NCAPG-203ENST00000510063 807 ntTSL 55.65□□□□□ -1.52e-6■■■■■ 69.2
SF3B4Q15427 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.28□□□□□ -0.122e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.9□□□□□ -0.182e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 INPP5B-203ENST00000373024 3060 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.36□□□□□ -0.592e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 INPP5B-206ENST00000458109 3979 ntTSL 1 (best) BASIC9.91□□□□□ -0.822e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 INPP5B-209ENST00000474758 572 ntTSL 58.65□□□□□ -1.022e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 INPP5B-205ENST00000373027 3905 ntTSL 2 BASIC7.8□□□□□ -1.162e-12■■■■■ 69.1
SF3B4Q15427 ZNF420-209ENST00000590332 541 ntTSL 413.46□□□□□ -0.253e-17■■■■■ 68.8
SF3B4Q15427 ZNF420-205ENST00000587029 612 ntTSL 413.18□□□□□ -0.33e-17■■■■■ 68.8
SF3B4Q15427 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.215e-21■■■■■ 68.7
SF3B4Q15427 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.25e-21■■■■■ 68.7
SF3B4Q15427 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.735e-21■■■■■ 68.7
SF3B4Q15427 GSR-201ENST00000221130 3119 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.45e-21■■■■■ 68.7
SF3B4Q15427 GSR-203ENST00000523295 913 ntTSL 312.52□□□□□ -0.415e-21■■■■■ 68.7
SF3B4Q15427 GSR-202ENST00000521479 582 ntTSL 39.17□□□□□ -0.945e-21■■■■■ 68.7
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3613.5 ms