Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC22.52■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HOXA4Q00056 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
HOXA4Q00056 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HOXA4Q00056 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXA4Q00056 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms