Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC25.97■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
PKNOX1P55347 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.9■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
PKNOX1P55347 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC25.88■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.86■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PKNOX1P55347 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.76■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.72
PKNOX1P55347 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
PKNOX1P55347 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
PKNOX1P55347 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PKNOX1P55347 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.5 ms