Protein–RNA interactions for Protein: P41225

SOX3, Transcription factor SOX-3, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX3P41225 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
SOX3P41225 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
SOX3P41225 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
SOX3P41225 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SOX3P41225 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
SOX3P41225 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SOX3P41225 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
SOX3P41225 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SOX3P41225 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SOX3P41225 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SOX3P41225 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SOX3P41225 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SOX3P41225 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SOX3P41225 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SOX3P41225 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SOX3P41225 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SOX3P41225 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SOX3P41225 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SOX3P41225 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SOX3P41225 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SOX3P41225 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SOX3P41225 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SOX3P41225 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SOX3P41225 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SOX3P41225 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SOX3P41225 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SOX3P41225 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SOX3P41225 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SOX3P41225 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SOX3P41225 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SOX3P41225 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SOX3P41225 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SOX3P41225 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SOX3P41225 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SOX3P41225 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SOX3P41225 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SOX3P41225 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SOX3P41225 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SOX3P41225 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SOX3P41225 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SOX3P41225 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SOX3P41225 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SOX3P41225 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SOX3P41225 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SOX3P41225 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SOX3P41225 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SOX3P41225 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SOX3P41225 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SOX3P41225 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SOX3P41225 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SOX3P41225 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SOX3P41225 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SOX3P41225 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SOX3P41225 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SOX3P41225 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SOX3P41225 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SOX3P41225 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SOX3P41225 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SOX3P41225 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SOX3P41225 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SOX3P41225 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SOX3P41225 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SOX3P41225 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SOX3P41225 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SOX3P41225 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SOX3P41225 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SOX3P41225 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SOX3P41225 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SOX3P41225 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SOX3P41225 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SOX3P41225 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SOX3P41225 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SOX3P41225 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SOX3P41225 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SOX3P41225 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SOX3P41225 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SOX3P41225 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SOX3P41225 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SOX3P41225 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SOX3P41225 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SOX3P41225 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SOX3P41225 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SOX3P41225 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
SOX3P41225 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
SOX3P41225 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SOX3P41225 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SOX3P41225 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
SOX3P41225 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
SOX3P41225 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms