Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LMX1BO60663 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LMX1BO60663 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LMX1BO60663 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LMX1BO60663 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LMX1BO60663 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC23.12■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.1■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LMX1BO60663 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC23.06■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.05■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC23.05■■□□□ 1.28
LMX1BO60663 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.4 ms