Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
SDCBPO00560 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.19
SDCBPO00560 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDCBPO00560 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SDCBPO00560 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SDCBPO00560 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
SDCBPO00560 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
SDCBPO00560 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms