Protein–RNA interactions for Protein: A6NMK7

CPSF4L, Putative cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4-like protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF4LA6NMK7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CPSF4LA6NMK7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 EXOC3L4-201ENST00000380069 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CPSF4LA6NMK7 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CPSF4LA6NMK7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CPSF4LA6NMK7 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CPSF4LA6NMK7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CPSF4LA6NMK7 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
CPSF4LA6NMK7 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF4LA6NMK7 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms