Protein–RNA interactions for Protein: A6NIU2

LINC01549, Putative uncharacterized protein encoded by LINC01549, humanhuman

Predictions only

Length 74 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC01549A6NIU2 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC18.89■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.88■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC18.88■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.87■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC18.87■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.87■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC18.86■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.86■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.85■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.85■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC18.84■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61
LINC01549A6NIU2 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.82■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.77■□□□□ 0.6
LINC01549A6NIU2 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.77■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC18.77■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC18.76■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC18.71■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.59
LINC01549A6NIU2 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 SATB1-AS1-216ENST00000598149 1119 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
LINC01549A6NIU2 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.65■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms