Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 DNAJB5-203ENST00000453597 2589 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 AL049796.1-201ENST00000565336 1766 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
USP49Q70CQ1 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
USP49Q70CQ1 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
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