Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 INSR-201ENST00000302850 4721 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MAP4K4-210ENST00000425019 4403 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 LY6E-202ENST00000429120 1173 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CASP9-210ENST00000546424 4463 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC17.35■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PTPRE-201ENST00000254667 5331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 DCAF4-202ENST00000358377 2024 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
PDLIM3Q53GG5 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
PDLIM3Q53GG5 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.7 ms