RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000254667.7

PTPRE-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type E, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRE, Length 5,331 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRE-201ENST00000254667 DCAF8L2P0C7V8 631 aa33.08■■■□□ 2.89
PTPRE-201ENST00000254667 NISCHQ9Y2I1 1504 aa32.24■■■□□ 2.75
PTPRE-201ENST00000254667 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP31.32■■■□□ 2.6
PTPRE-201ENST00000254667 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa30.82■■■□□ 2.52
PTPRE-201ENST00000254667 EHMT2Q96KQ7 1210 aa30■■■□□ 2.39
PTPRE-201ENST00000254667 APLP2Q06481 763 aa29.93■■■□□ 2.38
PTPRE-201ENST00000254667 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP29.66■■■□□ 2.34
PTPRE-201ENST00000254667 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP29.48■■■□□ 2.31
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM41Q8WV44 630 aa29.19■■■□□ 2.26
PTPRE-201ENST00000254667 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP29■■■□□ 2.23
PTPRE-201ENST00000254667 PCGF6Q9BYE7 350 aa28.99■■■□□ 2.23
PTPRE-201ENST00000254667 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP28.88■■■□□ 2.21
PTPRE-201ENST00000254667 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP28.86■■■□□ 2.21
PTPRE-201ENST00000254667 UBTFP17480 764 aaKnown RBP28.81■■■□□ 2.2
PTPRE-201ENST00000254667 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP28.75■■■□□ 2.19
PTPRE-201ENST00000254667 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP28.66■■■□□ 2.18
PTPRE-201ENST00000254667 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP28.51■■■□□ 2.16
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP28.05■■■□□ 2.08
PTPRE-201ENST00000254667 ERICH6Q7L0X2 663 aa28.02■■■□□ 2.08
PTPRE-201ENST00000254667 NEFLP07196 543 aa27.96■■■□□ 2.07
PTPRE-201ENST00000254667 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP27.93■■■□□ 2.06
PTPRE-201ENST00000254667 CHIC1Q5VXU3 224 aa27.88■■■□□ 2.05
PTPRE-201ENST00000254667 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP27.87■■■□□ 2.05
PTPRE-201ENST00000254667 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP27.87■■■□□ 2.05
PTPRE-201ENST00000254667 MYT1LQ9UL68 1186 aa27.73■■■□□ 2.03
PTPRE-201ENST00000254667 ABCC9O60706 1549 aa27.71■■■□□ 2.03
PTPRE-201ENST00000254667 ITGAEP38570 1179 aa27.7■■■□□ 2.02
PTPRE-201ENST00000254667 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP27.69■■■□□ 2.02
PTPRE-201ENST00000254667 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa27.66■■■□□ 2.02
PTPRE-201ENST00000254667 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP27.5■■□□□ 1.99
PTPRE-201ENST00000254667 HRCP23327 699 aa27.49■■□□□ 1.99
PTPRE-201ENST00000254667 POLR3GLQ9BT43 218 aa27.39■■□□□ 1.97
PTPRE-201ENST00000254667 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP27.16■■□□□ 1.94
PTPRE-201ENST00000254667 DAXXQ9UER7 740 aaPredicted RBP27.07■■□□□ 1.92
PTPRE-201ENST00000254667 MYT1Q01538 1121 aa27.05■■□□□ 1.92
PTPRE-201ENST00000254667 TRIM52Q96A61 297 aa27.01■■□□□ 1.91
PTPRE-201ENST00000254667 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP26.95■■□□□ 1.9
PTPRE-201ENST00000254667 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP26.94■■□□□ 1.9
PTPRE-201ENST00000254667 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP26.88■■□□□ 1.89
PTPRE-201ENST00000254667 FBLN2P98095 1184 aa26.84■■□□□ 1.89
PTPRE-201ENST00000254667 CSRNP3Q8WYN3 585 aa26.79■■□□□ 1.88
PTPRE-201ENST00000254667 NEUROD1Q13562 356 aa26.77■■□□□ 1.88
PTPRE-201ENST00000254667 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.68■■□□□ 1.86
PTPRE-201ENST00000254667 SCRIBQ14160 1630 aa26.68■■□□□ 1.86
PTPRE-201ENST00000254667 ANP32CO43423 234 aa26.58■■□□□ 1.85
PTPRE-201ENST00000254667 CDK11AQ9UQ88 783 aaPredicted RBP26.57■■□□□ 1.84
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP26.57■■□□□ 1.84
PTPRE-201ENST00000254667 CLSPNQ9HAW4 1339 aa26.56■■□□□ 1.84
PTPRE-201ENST00000254667 P3H3Q8IVL6 736 aa26.53■■□□□ 1.84
PTPRE-201ENST00000254667 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa26.5■■□□□ 1.83
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP26.43■■□□□ 1.82
PTPRE-201ENST00000254667 ARID3CA6NKF2 412 aa26.37■■□□□ 1.81
PTPRE-201ENST00000254667 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP26.34■■□□□ 1.81
PTPRE-201ENST00000254667 RTL5Q5HYW3 569 aaPredicted RBP26.33■■□□□ 1.8
PTPRE-201ENST00000254667 ZBTB47Q9UFB7 747 aaPredicted RBP26.25■■□□□ 1.79
PTPRE-201ENST00000254667 NEFMP07197 916 aa26.25■■□□□ 1.79
PTPRE-201ENST00000254667 BCANQ96GW7 911 aa26.21■■□□□ 1.79
PTPRE-201ENST00000254667 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa26.15■■□□□ 1.78
PTPRE-201ENST00000254667 NPM1P06748 294 aaKnown RBP eCLIP26.14■■□□□ 1.78
PTPRE-201ENST00000254667 ESF1Q9H501 851 aaKnown RBP26.13■■□□□ 1.77
PTPRE-201ENST00000254667 CANXP27824 592 aaKnown RBP26.11■■□□□ 1.77
PTPRE-201ENST00000254667 TONSLQ96HA7 1378 aa26.1■■□□□ 1.77
PTPRE-201ENST00000254667 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.09■■□□□ 1.77
PTPRE-201ENST00000254667 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa26.06■■□□□ 1.76
PTPRE-201ENST00000254667 SLC24A1O60721 1099 aa25.96■■□□□ 1.75
PTPRE-201ENST00000254667 STAG3Q9UJ98 1225 aa25.94■■□□□ 1.74
PTPRE-201ENST00000254667 CHGAP10645 457 aaKnown RBP25.9■■□□□ 1.74
PTPRE-201ENST00000254667 NACADO15069 1562 aa25.9■■□□□ 1.74
PTPRE-201ENST00000254667 EEA1Q15075 1411 aa25.89■■□□□ 1.74
PTPRE-201ENST00000254667 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP25.89■■□□□ 1.74
PTPRE-201ENST00000254667 MTUS2Q5JR59 1369 aa25.89■■□□□ 1.73
PTPRE-201ENST00000254667 TSPY4P0CV99 314 aa25.88■■□□□ 1.73
PTPRE-201ENST00000254667 TSPY10P0CW01 314 aa25.88■■□□□ 1.73
PTPRE-201ENST00000254667 CLIP1P30622 1438 aa25.84■■□□□ 1.73
PTPRE-201ENST00000254667 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP25.81■■□□□ 1.72
PTPRE-201ENST00000254667 CHIC2Q9UKJ5 165 aa25.8■■□□□ 1.72
PTPRE-201ENST00000254667 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP25.8■■□□□ 1.72
PTPRE-201ENST00000254667 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP25.73■■□□□ 1.71
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA3Q08378 1498 aa25.72■■□□□ 1.71
PTPRE-201ENST00000254667 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP25.71■■□□□ 1.71
PTPRE-201ENST00000254667 ANP32AP39687 249 aaKnown RBP25.68■■□□□ 1.7
PTPRE-201ENST00000254667 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP25.67■■□□□ 1.7
PTPRE-201ENST00000254667 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP25.67■■□□□ 1.73e-13■■■■■ 117
PTPRE-201ENST00000254667 BCL11AQ9H165 835 aa25.66■■□□□ 1.7
PTPRE-201ENST00000254667 HNRNPUQ00839 825 aaKnown RBP eCLIP25.63■■□□□ 1.69
PTPRE-201ENST00000254667 KIF27Q86VH2 1401 aa25.59■■□□□ 1.69
PTPRE-201ENST00000254667 PLEKHD1A6NEE1 506 aa25.59■■□□□ 1.69
PTPRE-201ENST00000254667 TMC1Q8TDI8 760 aa25.58■■□□□ 1.69
PTPRE-201ENST00000254667 FAM9BQ8IZU0 186 aa25.57■■□□□ 1.68
PTPRE-201ENST00000254667 CEP162Q5TB80 1403 aa25.55■■□□□ 1.68
PTPRE-201ENST00000254667 PLPPR3Q6T4P5 718 aa25.52■■□□□ 1.68
PTPRE-201ENST00000254667 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa25.52■■□□□ 1.68
PTPRE-201ENST00000254667 FKBP8Q14318 412 aa25.51■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 GOLGA6L2Q8N9W4 650 aaPredicted RBP25.5■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP25.5■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP25.49■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 CEP164Q9UPV0 1460 aa25.49■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 EIF4G2P78344 907 aaKnown RBP eCLIP25.46■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 TNIKQ9UKE5 1360 aa25.46■■□□□ 1.67
PTPRE-201ENST00000254667 UPF2Q9HAU5 1272 aaKnown RBP25.46■■□□□ 1.67
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