Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 KIF2A-207ENST00000509663 759 ntTSL 322.16■■□□□ 1.145e-8■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 NF1-221ENST00000581790 1256 ntTSL 26.59□□□□□ -1.358e-22■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 NF1-223ENST00000584328 566 ntTSL 25.47□□□□□ -1.538e-22■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-203ENST00000435275 656 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.381e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-209ENST00000476545 815 ntTSL 314.83□□□□□ -0.041e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-212ENST00000482069 539 ntTSL 312.76□□□□□ -0.371e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-206ENST00000465692 778 ntTSL 212.28□□□□□ -0.441e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-204ENST00000440692 2814 ntTSL 3 BASIC12.24□□□□□ -0.451e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-211ENST00000480662 711 ntTSL 210.13□□□□□ -0.791e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-202ENST00000372360 510 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC9.69□□□□□ -0.861e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-201ENST00000360830 514 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC6.77□□□□□ -1.331e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 RPS24-213ENST00000485708 544 ntTSL 25.74□□□□□ -1.491e-20■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 AKAP9-211ENST00000487258 3983 ntTSL 210.1□□□□□ -0.791e-10■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-202ENST00000499044 2491 ntTSL 217.3■□□□□ 0.362e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-208ENST00000545193 2682 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.152e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-201ENST00000254799 6666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.67□□□□□ -0.222e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-204ENST00000505068 3561 ntTSL 212.8□□□□□ -0.362e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-207ENST00000514161 1765 ntTSL 212.51□□□□□ -0.412e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-203ENST00000502323 1794 ntTSL 5 BASIC10.78□□□□□ -0.682e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 GRSF1-206ENST00000508091 419 ntTSL 310.53□□□□□ -0.722e-9■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.251e-17■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.171e-17■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 C5orf24-201ENST00000338051 4270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.35□□□□□ -1.231e-17■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 SRSF9-204ENST00000548792 1446 ntTSL 210.5□□□□□ -0.731e-8■■■■■ 30.8
LIN28BQ6ZN17 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.065e-11■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.2■□□□□ 0.185e-11■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 PPP2R5C-206ENST00000553554 564 ntTSL 59.51□□□□□ -0.896e-10■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 AC026464.4-201ENST00000570054 1284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.16□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 VPS4A-201ENST00000254950 4100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.511e-8■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 STOM-202ENST00000347359 870 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.624e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.484e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 STOM-201ENST00000286713 3010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.87□□□□□ -1.154e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-206ENST00000600027 944 ntTSL 512.44□□□□□ -0.423e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-204ENST00000599167 1133 ntTSL 512.44□□□□□ -0.423e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-207ENST00000601216 602 ntTSL 411.31□□□□□ -0.63e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-201ENST00000270625 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.78□□□□□ -0.683e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-209ENST00000602252 751 ntTSL 29.46□□□□□ -0.93e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-203ENST00000596873 583 ntTSL 2 BASIC8.48□□□□□ -1.053e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-208ENST00000601306 547 ntTSL 37.97□□□□□ -1.133e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-202ENST00000594493 575 ntTSL 3 BASIC7.87□□□□□ -1.153e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 RPS11-205ENST00000599561 430 ntTSL 5 BASIC7.63□□□□□ -1.193e-71■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.486e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.456e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.426e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-202ENST00000395111 1755 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.336e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-204ENST00000586919 1221 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.166e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC14.72□□□□□ -0.056e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NFIC-206ENST00000589123 8068 ntTSL 1 (best) BASIC12.85□□□□□ -0.356e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 EXOC5-206ENST00000555148 2349 ntTSL 217.93■□□□□ 0.467e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC17.66■□□□□ 0.427e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 EXOC5-202ENST00000413566 8513 ntTSL 5 BASIC11.5□□□□□ -0.577e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 EXOC5-211ENST00000621441 10589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.54□□□□□ -1.047e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 PITHD1-202ENST00000374524 1292 ntTSL 3 BASIC14.97□□□□□ -0.012e-7■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 ENO1-206ENST00000497492 647 ntTSL 213.74□□□□□ -0.216e-25■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 FLOT2-202ENST00000394908 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.481e-9■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 FLOT2-204ENST00000577789 2503 ntTSL 516.52■□□□□ 0.231e-9■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 FLOT2-206ENST00000580805 2679 ntTSL 516.33■□□□□ 0.211e-9■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.111e-9■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.07□□□□□ -0.161e-9■■■■■ 30.7
LIN28BQ6ZN17 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.432e-8■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 PRKAR2A-206ENST00000454963 1849 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.888e-13■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.44e-8■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 PRKAR2A-202ENST00000296446 3318 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.178e-13■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 PRKAR2A-207ENST00000457914 448 ntTSL 311.42□□□□□ -0.584e-8■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 NOP58-201ENST00000264279 2046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.35□□□□□ -0.112e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 LINC00261-203ENST00000609300 457 ntTSL 310.18□□□□□ -0.781e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 AL121722.1-201ENST00000638550 4849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.75□□□□□ -1.171e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 LINC00261-202ENST00000564492 4912 ntTSL 3 BASIC7.52□□□□□ -1.211e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 PPP2R3C-206ENST00000554361 684 ntTSL 57.17□□□□□ -1.261e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 NOP58-203ENST00000433543 714 ntTSL 34.6□□□□□ -1.672e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.492e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 ALG2-201ENST00000238477 2966 ntTSL 216.71■□□□□ 0.272e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 ALG2-202ENST00000319033 1627 ntTSL 1 (best) BASIC5.91□□□□□ -1.462e-9■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.69□□□□□ -0.381e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 CP-215ENST00000497902 542 ntTSL 23.23□□□□□ -1.892e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-221ENST00000560451 5124 ntTSL 1 (best)19.06■□□□□ 0.641e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.131e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-212ENST00000559341 623 ntTSL 215.68■□□□□ 0.11e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-203ENST00000557990 956 ntTSL 514.82□□□□□ -0.041e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-230ENST00000561448 1443 ntTSL 213.04□□□□□ -0.321e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-202ENST00000557865 2671 ntTSL 212.45□□□□□ -0.421e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-204ENST00000558161 4918 ntTSL 1 (best)11.58□□□□□ -0.561e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-201ENST00000360468 6268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.71e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-219ENST00000560147 492 ntTSL 410.14□□□□□ -0.791e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-226ENST00000560926 569 ntTSL 49.95□□□□□ -0.821e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-225ENST00000560880 718 ntTSL 28.27□□□□□ -1.091e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 MAN2A2-208ENST00000558538 576 ntTSL 48.21□□□□□ -1.11e-10■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 EIF4A1-227ENST00000583217 599 ntTSL 210.96□□□□□ -0.659e-14■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-209ENST00000438033 1748 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 17e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-213ENST00000471793 1779 ntTSL 220.52■□□□□ 0.887e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC16.89■□□□□ 0.297e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-205ENST00000357364 5925 ntTSL 5 BASIC13.8□□□□□ -0.27e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-206ENST00000359197 3487 ntTSL 1 (best) BASIC13.73□□□□□ -0.217e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-203ENST00000346667 5376 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.227e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-204ENST00000349824 5757 ntTSL 5 BASIC13.52□□□□□ -0.247e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-211ENST00000440768 5511 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.327e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-218ENST00000615491 5637 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.337e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-202ENST00000343574 5925 ntTSL 5 BASIC12.96□□□□□ -0.347e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-201ENST00000331340 6189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.94□□□□□ -0.667e-7■■■■■ 30.6
LIN28BQ6ZN17 IKZF1-210ENST00000439701 3572 ntTSL 1 (best) BASIC9.36□□□□□ -0.917e-7■■■■■ 30.6
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 231.5 ms