Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 280.8 ms