Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
COL4A3Q01955 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 UPK3B-203ENST00000394849 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 LINC02531-201ENST00000404689 593 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
COL4A3Q01955 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms