Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 NDUFS3-212ENST00000534208 583 ntTSL 4 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MCAT-202ENST00000327555 1134 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CLN6-206ENST00000565471 1075 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
COL6A1P12109 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.6 ms