Protein–RNA interactions for Protein: P12110

COL6A2, Collagen alpha-2(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,019 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A2P12110 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 NUDT10-201ENST00000356450 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 GNA11-201ENST00000078429 4147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.08■□□□□ 0.97
COL6A2P12110 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
COL6A2P12110 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.1 ms