Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
LIMA1Q9UHB6 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CPNE7-202ENST00000319518 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CERKL-205ENST00000409440 2425 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.4 ms