Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SEMA4B-208ENST00000559074 1697 ntTSL 218.64■□□□□ 0.572e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SEMA4B-202ENST00000411539 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.112e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SEMA4B-201ENST00000332496 3781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.172e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 SEMA4B-204ENST00000558065 3751 ntTSL 1 (best)10.83□□□□□ -0.682e-8■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 MAN1B1-216ENST00000550113 774 ntTSL 324.66■■□□□ 1.544e-9■■■■■ 29.7
UPF1Q92900 FAM89B-203ENST00000530349 1263 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC43.47■■■■■ 4.554e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 FAM89B-202ENST00000449319 1337 ntTSL 1 (best) BASIC41.38■■■■■ 4.214e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.864e-7■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 CCDC137-204ENST00000574107 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 330.09■■■□□ 2.414e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.154e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.14e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-202ENST00000368823 2751 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.984e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.44■□□□□ 0.74e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 CCDC137-202ENST00000571916 708 ntTSL 319.43■□□□□ 0.74e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.694e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.534e-7■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.474e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PTDSS1-206ENST00000522072 1112 ntTSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.361e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PTDSS1-204ENST00000517982 1215 ntTSL 216.9■□□□□ 0.31e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-212ENST00000525790 2217 ntTSL 1 (best)16.29■□□□□ 0.24e-7■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.74□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 AGPAT3-209ENST00000448845 392 ntTSL 514.21□□□□□ -0.134e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 RNF185-201ENST00000266252 2946 ntTSL 1 (best) BASIC12.87□□□□□ -0.354e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TMEM18-202ENST00000355654 2376 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.54□□□□□ -0.44e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 RNF185-207ENST00000518626 2737 ntTSL 212.46□□□□□ -0.414e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TMEM18-201ENST00000281017 2762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.5□□□□□ -0.574e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 RNF185-202ENST00000326132 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.38□□□□□ -0.594e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 IGF1R-201ENST00000268035 11803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.44□□□□□ -0.742e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 RNF185-203ENST00000426256 3315 ntTSL 2 BASIC9.35□□□□□ -0.914e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 RNF185-205ENST00000471384 3093 ntTSL 38.52□□□□□ -1.054e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 IGF1R-206ENST00000558762 11726 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC8.12□□□□□ -1.112e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 TDRKH-201ENST00000368822 3093 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC7.42□□□□□ -1.224e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.934e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC17.99■□□□□ 0.474e-7■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.581e-6■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 NUP133-201ENST00000261396 5207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.082e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 UBR7-201ENST00000013070 3694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.47□□□□□ -0.418e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.222e-12■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.452e-12■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.342e-12■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PRR11-209ENST00000614081 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.451e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PRR11-205ENST00000580177 1641 ntTSL 1 (best)9.44□□□□□ -0.91e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 DIRAS1-201ENST00000323469 3424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.81□□□□□ -0.21e-6■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 CHMP7-201ENST00000313219 3367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.122e-10■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 CHMP7-202ENST00000397677 3403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.98□□□□□ -0.332e-10■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 MRPS2-201ENST00000241600 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.862e-9■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.05■□□□□ 0.162e-11■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.012e-11■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.194e-7■■■■■ 29.6
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UPF1Q92900 CMTR1-201ENST00000373451 4033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.616e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.42e-13■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 MAP1LC3B-206ENST00000564844 3085 ntTSL 1 (best)19.5■□□□□ 0.712e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.95■□□□□ 0.462e-8■■■■■ 29.6
UPF1Q92900 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.232e-15■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.955e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAP1L4-211ENST00000526023 477 ntTSL 524.76■■□□□ 1.555e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-207ENST00000497744 964 ntTSL 223.17■■□□□ 1.35e-8■■■■■ 29.5
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UPF1Q92900 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.545e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-205ENST00000482564 1856 ntTSL 218.14■□□□□ 0.495e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.465e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.395e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ACAP3-212ENST00000492936 5319 ntTSL 1 (best)17.26■□□□□ 0.355e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 STK11-203ENST00000585748 746 ntTSL 317.18■□□□□ 0.345e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ACAP3-206ENST00000467278 2725 ntTSL 1 (best)17.1■□□□□ 0.335e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-203ENST00000467099 2531 ntTSL 216.66■□□□□ 0.265e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-202ENST00000395726 1897 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.035e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 PARN-203ENST00000437198 3078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.24□□□□□ -0.132e-12■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 DRG2-218ENST00000582528 5342 ntTSL 212.5□□□□□ -0.415e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SLC25A44-202ENST00000423538 3662 ntTSL 1 (best) BASIC11.23□□□□□ -0.615e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SLC25A44-201ENST00000359511 3482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.37□□□□□ -0.755e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 METTL2B-204ENST00000480046 5743 ntTSL 2 BASIC10.31□□□□□ -0.765e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 SLC25A44-204ENST00000469537 6952 ntTSL 1 (best)9.08□□□□□ -0.965e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GPX3-209ENST00000614343 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.474e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GPX3-210ENST00000622181 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.214e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GPX3-206ENST00000521632 1314 ntTSL 522.35■■□□□ 1.174e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GPX3-201ENST00000388825 1636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.484e-7■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 TBKBP1-204ENST00000622396 2010 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.82e-6■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 AP3D1-205ENST00000586370 911 ntTSL 210.59□□□□□ -0.714e-23■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ELOVL1-207ENST00000470968 867 ntTSL 523.83■■□□□ 1.416e-12■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ELOVL1-212ENST00000487209 828 ntTSL 223.2■■□□□ 1.39e-10■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 ELOVL1-203ENST00000464204 1034 ntTSL 1 (best)23.2■■□□□ 1.36e-12■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GSTCD-203ENST00000394730 4043 ntTSL 1 (best) BASIC10.76□□□□□ -0.699e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 GSTCD-211ENST00000515279 4273 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC9.12□□□□□ -0.959e-8■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAPA-210ENST00000595227 1460 ntTSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.698e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAPA-215ENST00000597271 1467 ntTSL 225.53■■□□□ 1.688e-9■■■■■ 29.5
UPF1Q92900 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.628e-9■■■■■ 29.5
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