Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.19
COL3A1P02461 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC28.69■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.68■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
COL3A1P02461 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms