Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y221

NIP7, 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 homolog, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 180 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NIP7Q9Y221 SNHG1-214ENST00000540865 784 ntTSL 56.22□□□□□ -1.414e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-211ENST00000539921 1071 ntTSL 2 BASIC6.01□□□□□ -1.454e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-220ENST00000544550 636 ntTSL 25.51□□□□□ -1.534e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-208ENST00000538266 347 ntTSL 3 BASIC5.41□□□□□ -1.544e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-203ENST00000537024 532 ntTSL 54.99□□□□□ -1.614e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-205ENST00000537869 1038 ntTSL 3 BASIC4.86□□□□□ -1.634e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-218ENST00000541615 748 ntTSL 5 BASIC4.78□□□□□ -1.644e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-219ENST00000542112 780 ntTSL 3 BASIC3.96□□□□□ -1.784e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-202ENST00000535689 550 ntTSL 23.73□□□□□ -1.814e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-217ENST00000541578 588 ntTSL 3 BASIC3.73□□□□□ -1.814e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-224ENST00000545688 610 ntTSL 33.33□□□□□ -1.884e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-210ENST00000539303 240 ntTSL 3 BASIC2.6□□□□□ -1.994e-44■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-210ENST00000623640 732 ntTSL 2 BASIC12.1□□□□□ -0.471e-323■■■■■ 26.8
NIP7Q9Y221 SNORD91A-202ENST00000609620 191 ntBASIC8.03□□□□□ -1.122e-31■■■■□ 26
NIP7Q9Y221 SNORD91A-201ENST00000390861 95 nt0.4□□□□□ -2.352e-31■■■■□ 26
NIP7Q9Y221 SNORD12B-201ENST00000410433 91 ntBASIC1.53□□□□□ -2.161e-323■■■■□ 26
NIP7Q9Y221 TSR1-201ENST00000301364 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.19e-32■■■■□ 25.7
NIP7Q9Y221 TSR1-203ENST00000575049 387 ntTSL 34.66□□□□□ -1.669e-32■■■■□ 25.7
NIP7Q9Y221 SNORD91B-202ENST00000608459 222 ntBASIC4.96□□□□□ -1.622e-41■■■■□ 25.5
NIP7Q9Y221 SNORD91B-201ENST00000391250 95 nt1.98□□□□□ -2.092e-41■■■■□ 25.5
NIP7Q9Y221 ATG16L1-201ENST00000347464 2915 ntTSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.13e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-202ENST00000373525 2767 ntTSL 5 BASIC13.37□□□□□ -0.273e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-203ENST00000392017 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.17□□□□□ -0.33e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-215ENST00000479942 3559 ntTSL 1 (best)12.05□□□□□ -0.483e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-205ENST00000392020 3213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.53e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-211ENST00000464645 560 ntTSL 411.73□□□□□ -0.533e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-206ENST00000392021 3301 ntTSL 1 (best)11.33□□□□□ -0.63e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-204ENST00000392018 3313 ntTSL 5 BASIC10.8□□□□□ -0.683e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-214ENST00000474148 4208 ntTSL 210.66□□□□□ -0.73e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 ATG16L1-218ENST00000498620 740 ntTSL 510.61□□□□□ -0.713e-16■■■■□ 25.3
NIP7Q9Y221 SORCS2-203ENST00000507866 6152 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.163e-11■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 SORCS2-201ENST00000329016 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.323e-11■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 SORCS2-204ENST00000511199 532 ntTSL 411.12□□□□□ -0.633e-11■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-213ENST00000529285 550 ntTSL 526.21■■□□□ 1.799e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-206ENST00000526248 771 ntTSL 520.83■□□□□ 0.939e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-201ENST00000278572 907 ntTSL 3 BASIC19.49■□□□□ 0.719e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-218ENST00000532872 737 ntTSL 316.89■□□□□ 0.299e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-216ENST00000530721 796 ntTSL 316.89■□□□□ 0.299e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-209ENST00000527446 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.19■□□□□ 0.189e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-212ENST00000529173 1373 ntTSL 515.83■□□□□ 0.129e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-217ENST00000531188 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.039e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-203ENST00000524851 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.77□□□□□ -0.379e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-210ENST00000528439 473 ntTSL 312.49□□□□□ -0.419e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-219ENST00000534440 564 ntTSL 2 BASIC12.49□□□□□ -0.419e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-202ENST00000422465 903 ntTSL 212.19□□□□□ -0.469e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 RPS3-207ENST00000526608 710 ntTSL 5 BASIC12.06□□□□□ -0.489e-40■■■■□ 25.2
NIP7Q9Y221 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.915e-7■■■■□ 25
NIP7Q9Y221 SNHG1-216ENST00000541416 996 ntTSL 216.36■□□□□ 0.216e-44■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-221ENST00000544983 870 ntTSL 214.95□□□□□ -0.026e-44■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-215ENST00000540904 594 ntTSL 511.95□□□□□ -0.56e-44■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-207ENST00000537965 578 ntTSL 57.06□□□□□ -1.286e-44■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 SNHG1-222ENST00000545308 646 ntTSL 23.73□□□□□ -1.816e-44■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-207ENST00000458653 596 ntTSL 236.76■■■■□ 3.481e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-202ENST00000371743 1008 ntTSL 1 (best)33.04■■■□□ 2.881e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-203ENST00000417721 860 ntTSL 1 (best)32■■■□□ 2.711e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-205ENST00000441722 946 ntTSL 1 (best)28.01■■■□□ 2.071e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.071e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-209ENST00000620594 508 ntTSL 310.23□□□□□ -0.771e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-204ENST00000428008 566 ntTSL 29.77□□□□□ -0.851e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 ZFAS1-201ENST00000326677 504 ntTSL 1 (best)9.77□□□□□ -0.851e-323■■■■□ 24.8
NIP7Q9Y221 RYR2-202ENST00000366574 16562 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.26□□□□□ -0.612e-9■■■■□ 24.6
NIP7Q9Y221 RYR2-201ENST00000360064 14850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.442e-9■■■■□ 24.6
NIP7Q9Y221 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.36□□□□□ -0.114e-13■■■■□ 24.5
NIP7Q9Y221 SCARNA7-201ENST00000458797 330 ntBASIC13.74□□□□□ -0.214e-13■■■■□ 24.5
NIP7Q9Y221 KPNA4-203ENST00000483437 510 ntTSL 55.07□□□□□ -1.64e-13■■■■□ 24.5
NIP7Q9Y221 NOTUM-202ENST00000425009 996 ntTSL 331.81■■■□□ 2.681e-7■■■■□ 24.1
NIP7Q9Y221 NOTUM-204ENST00000489218 972 ntTSL 224.82■■□□□ 1.561e-7■■■■□ 24.1
NIP7Q9Y221 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.51■■□□□ 1.355e-26■■■■□ 24.1
NIP7Q9Y221 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.161e-6■■■■□ 23.7
NIP7Q9Y221 SERPINA5-203ENST00000553780 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.264e-6■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 SERPINA5-208ENST00000554866 2211 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.61□□□□□ -0.394e-6■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 SERPINA5-205ENST00000554276 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.51□□□□□ -0.414e-6■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 SERPINA5-201ENST00000329597 2337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.524e-6■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 F2-202ENST00000442468 1031 ntTSL 327.48■■□□□ 1.998e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 F2-204ENST00000490274 545 ntTSL 318.59■□□□□ 0.578e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.538e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 F2-205ENST00000530231 1849 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.218e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 CFB-271ENST00000425368 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.21□□□□□ -0.38e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 CFB-284ENST00000498317 589 ntTSL 211.3□□□□□ -0.68e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 CFB-280ENST00000482312 764 ntTSL 29.8□□□□□ -0.848e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 CFB-282ENST00000483004 940 ntTSL 59.4□□□□□ -0.98e-8■■■■□ 23.6
NIP7Q9Y221 RPL7A-205ENST00000468019 941 ntTSL 217.19■□□□□ 0.341e-323■■■■□ 23.3
NIP7Q9Y221 RPL7A-207ENST00000489392 966 ntTSL 513.55□□□□□ -0.241e-323■■■■□ 23.3
NIP7Q9Y221 RPL7A-201ENST00000315731 680 ntTSL 2 BASIC10.59□□□□□ -0.711e-323■■■■□ 23.3
NIP7Q9Y221 RPL7A-202ENST00000323345 891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.94□□□□□ -0.981e-323■■■■□ 23.3
NIP7Q9Y221 RPL7A-204ENST00000463740 1164 ntTSL 58.56□□□□□ -1.041e-323■■■■□ 23.3
NIP7Q9Y221 SNHG19-201ENST00000563192 342 ntTSL 2 BASIC10.47□□□□□ -0.737e-68■■■■□ 23.1
NIP7Q9Y221 snoR1.1-201ENST00000628177 80 ntBASIC-0.64□□□□□ -2.517e-68■■■■□ 23.1
NIP7Q9Y221 SNORD60-201ENST00000383903 83 ntBASIC-1.87□□□□□ -2.717e-68■■■■□ 23.1
NIP7Q9Y221 NOP58-202ENST00000426814 655 ntTSL 219.11■□□□□ 0.654e-43■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 NOP58-208ENST00000488403 871 ntTSL 219.11■□□□□ 0.654e-43■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 NOP58-205ENST00000472050 582 ntTSL 314.95□□□□□ -0.024e-43■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 NOP58-204ENST00000467734 638 ntTSL 514.59□□□□□ -0.074e-43■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 NOP58-209ENST00000492688 571 ntTSL 44.74□□□□□ -1.654e-43■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 snoU2-30.2-201ENST00000362805 70 ntBASIC1.55□□□□□ -2.167e-24■■■■□ 22.7
NIP7Q9Y221 PLOD1-201ENST00000196061 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.125e-7■■■■□ 22.3
NIP7Q9Y221 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.39□□□□□ -0.752e-6■■■■□ 22.2
NIP7Q9Y221 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 24.29□□□□□ -1.722e-6■■■■□ 22.2
NIP7Q9Y221 CTSB-206ENST00000524500 573 ntTSL 424.68■■□□□ 1.543e-7■■■■□ 21.9
NIP7Q9Y221 CTSB-233ENST00000534636 633 ntTSL 424.37■■□□□ 1.493e-7■■■■□ 21.9
Retrieved 100 of 1,619 protein–RNA pairs in 82.5 ms