Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIMD1Q9UGP4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIMD1Q9UGP4 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIMD1Q9UGP4 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIMD1Q9UGP4 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC28.37■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
LIMD1Q9UGP4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
LIMD1Q9UGP4 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
LIMD1Q9UGP4 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
LIMD1Q9UGP4 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms