Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
SHANK3Q9BYB0 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
SHANK3Q9BYB0 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC36.2■■■■□ 3.39
SHANK3Q9BYB0 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC36.2■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC36.17■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC36.16■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.16■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC36.15■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
SHANK3Q9BYB0 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC36.13■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC36.1■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
SHANK3Q9BYB0 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC36.07■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC36.05■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC36.03■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.03■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC36.02■■■■□ 3.36
SHANK3Q9BYB0 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC35.98■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
SHANK3Q9BYB0 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC35.91■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
SHANK3Q9BYB0 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.87■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC35.86■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC35.85■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC35.85■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.83■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.33
SHANK3Q9BYB0 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC35.82■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC35.81■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.8■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC35.79■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC35.79■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC35.78■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC35.77■■■■□ 3.32
SHANK3Q9BYB0 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.76■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC35.75■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC35.74■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.74■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.73■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC35.72■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC35.71■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.7■■■■□ 3.31
SHANK3Q9BYB0 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC35.68■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.68■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC35.68■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC35.67■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC35.66■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC35.66■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC35.65■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 SERINC2-201ENST00000373709 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.64■■■■□ 3.3
SHANK3Q9BYB0 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC35.63■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC35.63■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.62■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.61■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC35.6■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.59■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC35.57■■■■□ 3.29
SHANK3Q9BYB0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC35.57■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC35.56■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC35.55■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.55■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
SHANK3Q9BYB0 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC35.54■■■■□ 3.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.9 ms