Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
SMAD4Q13485 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
SMAD4Q13485 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
SMAD4Q13485 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC28.93■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC28.92■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC28.9■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
SMAD4Q13485 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
SMAD4Q13485 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
SMAD4Q13485 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.73■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
SMAD4Q13485 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC28.7■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 ARTN-202ENST00000372359 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.67■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.66■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.64■■■□□ 2.18
SMAD4Q13485 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.62■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
SMAD4Q13485 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
SMAD4Q13485 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.49■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
SMAD4Q13485 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
SMAD4Q13485 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms