Protein–RNA interactions for Protein: P49639

HOXA1, Homeobox protein Hox-A1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 335 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA1P49639 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
HOXA1P49639 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
HOXA1P49639 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
HOXA1P49639 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.11
HOXA1P49639 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC21.89■■□□□ 1.1
HOXA1P49639 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.88■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
HOXA1P49639 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
HOXA1P49639 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 172.8 ms