Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC27.05■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
PTPN4P29074 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC26.97■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
PTPN4P29074 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.94■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
PTPN4P29074 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC26.87■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC26.86■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC26.84■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
PTPN4P29074 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
PTPN4P29074 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC26.72■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.71■■□□□ 1.87
PTPN4P29074 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC26.69■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.68■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
PTPN4P29074 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
PTPN4P29074 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC26.55■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
PTPN4P29074 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.4 ms