Protein–RNA interactions for Protein: O95025

SEMA3D, Semaphorin-3D, humanhuman

Predictions only

Length 777 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SEMA3DO95025 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.91■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.9■■□□□ 1.74
SEMA3DO95025 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.87■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC25.86■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SEMA3DO95025 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
SEMA3DO95025 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SEMA3DO95025 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.65■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SEMA3DO95025 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SEMA3DO95025 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SEMA3DO95025 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SEMA3DO95025 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.45■■□□□ 1.66
SEMA3DO95025 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SEMA3DO95025 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.44■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 9.3 ms