Protein–RNA interactions for Protein: A6NIU2

LINC01549, Putative uncharacterized protein encoded by LINC01549, humanhuman

Predictions only

Length 74 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC01549A6NIU2 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
LINC01549A6NIU2 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
LINC01549A6NIU2 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC19.26■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.25■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.25■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 INO80B-201ENST00000233331 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC19.22■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
LINC01549A6NIU2 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 CMTM4-202ENST00000394106 1187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 CMTM4-204ENST00000563952 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
LINC01549A6NIU2 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
LINC01549A6NIU2 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.06■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.06■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC19.02■□□□□ 0.64
LINC01549A6NIU2 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.99■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
LINC01549A6NIU2 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC18.94■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
LINC01549A6NIU2 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms