Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CLDND2-201ENST00000291715 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 KRT8P12-201ENST00000468527 998 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 BRWD1-AS2-201ENST00000603064 1028 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.31
COL6A3P12111 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
COL6A3P12111 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms